Второй сезон сериала «Никита» продолжает повествование о борьбе Никиты с секретным Отделом. Черный ящик, которым хотел овладеть Перси в первой части сезона, остался для него недоступен. Тайну этого предмета разгадала Алекс. Никита с Майклом уезжают в другую страну, предоставив Алекс самой решить как ей быть дальше. У нее два пути: либо вернуться в Россию, чтобы отомстить за смерть отца, либо остаться в США, работая на правительство.
